90度排水沟有高差时，可以采取以下几种处理方法：
1. 调整排水沟的坡度：根据高差的大小，可以适当调整排水沟的坡度，使水能够顺利流动。一般来说，排水沟的坡度应该保持在0.5%到1%之间，以确保水能够顺利排出。
2. 安装坡度调整器：如果排水沟的高差较大，可以考虑安装坡度调整器。坡度调整器可以根据需要调整排水沟的坡度，使水能够顺利流动。坡度调整器一般由可调节的支架和连接件组成，可以根据需要进行调整。
3. 安装泵站：如果排水沟的高差较大，且无法通过调整坡度解决问题，可以考虑安装泵站。泵站可以将水抽送到较高的位置，以便顺利排出。泵站一般由泵、管道和控制系统组成，可以根据需要进行选择和安装。
4. 增加排水沟的容量：如果排水沟的高差较大，且无法通过调整坡度或安装泵站解决问题，可以考虑增加排水沟的容量。可以通过扩大排水沟的横截面积或增加排水沟的数量来增加排水沟的容量，以便更多的水能够顺利流动。
5. 加强排水沟的维护：无论采取何种处理方法，都需要加强排水沟的维护。定期清理排水沟中的杂物和淤泥，保持排水沟的畅通，以确保水能够顺利流动。
总之，当90度排水沟有高差时，可以通过调整坡度、安装坡度调整器、安装泵站、增加排水沟的容量或加强排水沟的维护等方法来处理。具体的处理方法应根据实际情况进行选择，并确保水能够顺利流动，以避免排水问题的发生。