强占农村自然排水沟是一种违法行为，对农村生态环境和农民生活造成了严重影响。针对这个问题，我们可以从以下几个方面进行解决。
首先，加强法律法规的宣传和执行。政府部门应该加大对农村自然排水沟保护的宣传力度，让农民了解到强占自然排水沟的危害性和违法性。同时，要加强对违法行为的执法力度，对强占自然排水沟的行为进行严厉打击，依法追究责任。
其次，加强监管和巡查力度。政府部门应该加强对农村自然排水沟的监管和巡查，定期检查排水沟的状况，发现问题及时处理。同时，要建立健全监管机制，加强对违法行为的处罚力度，对强占自然排水沟的行为进行严肃处理。
第三，加强农民的环保意识。政府部门可以通过开展环保宣传教育活动，提高农民的环保意识，让他们认识到保护自然排水沟的重要性。同时，可以通过给予农民一定的经济补偿或者其他激励措施，鼓励他们积极参与到自然排水沟的保护中来。
第四，加强农村基础设施建设。政府部门应该加大对农村基础设施建设的投入，改善农村的排水条件，提高农民的生活质量。同时，要加强对农村自然排水沟的维护和修复工作，确保排水沟的畅通。
最后，加强社会监督和参与。政府部门可以通过建立投诉举报渠道，鼓励社会各界对强占农村自然排水沟的行为进行监督和举报。同时，可以组织相关的环保组织和志愿者参与到自然排水沟的保护中来，共同守护农村的生态环境。
总之，解决强占农村自然排水沟的问题需要政府、农民和社会各界的共同努力。只有通过加强法律法规的宣传和执行、加强监管和巡查力度、加强农民的环保意识、加强农村基础设施建设以及加强社会监督和参与，才能有效解决这个问题，保护农村的生态环境和农民的生活。