琼海养殖排水沟的建设位置应根据具体情况进行选择，以下是一些建议：
首先，建设排水沟的位置应尽量远离居民区和水源地。养殖排水中含有大量的有机物和养分，如果排放到居民区或水源地附近，可能会对周围环境和水质造成污染，对人体健康和生态环境产生不利影响。
其次，排水沟的位置应尽量选择在地势较低的地方。这样可以利用自然地势的优势，使排水沟的水流自然流向低洼地区，减少排水沟的建设和维护成本。
此外，排水沟的位置还应考虑到排水的方向和距离。排水沟应尽量沿着养殖区域的边缘布置，以便于收集和排放养殖废水。同时，排水沟的长度应根据养殖区域的大小和养殖规模进行合理规划，以确保排水沟能够有效地收集和排放废水。
最后，建设排水沟的位置还应考虑到土壤的渗透性和排水能力。排水沟应建设在土壤渗透性较好的地方，以便于废水能够迅速渗透到地下，减少地表水的积聚和污染。同时，排水沟的宽度和深度也应根据土壤的排水能力进行合理设计，以确保排水沟能够有效地排放废水。
综上所述，琼海养殖排水沟的建设位置应综合考虑居民区和水源地的距离、地势、排水方向和距离以及土壤的渗透性和排水能力等因素进行选择。只有选择合适的位置建设排水沟，才能有效地收集和排放养殖废水，减少对环境和水质的污染，保护生态环境和人体健康。