农村盖房遇到排水沟时，需要遵守相关法律法规，合法进行处理。以下是一些建议：
1.了解法律法规：首先，了解当地的土地利用规划、建设规划和环境保护法律法规，了解排水沟的相关规定和要求。
2.咨询相关部门：在农村盖房遇到排水沟时，可以咨询当地的城乡规划部门、农村建设管理部门或环保部门，了解具体的政策和要求。
3.合理规划建筑布局：在设计房屋时，要合理规划建筑布局，避免房屋与排水沟冲突。可以选择在排水沟两侧留出一定的距离，或者通过改变房屋的朝向和布局来避开排水沟。
4.合理利用排水沟：如果排水沟无法避免，可以考虑合理利用排水沟。例如，在房屋周围设置排水沟的护坡，将排水沟作为景观设计的一部分，或者将排水沟与房屋的外墙进行合理的隔离。
5.申请审批手续：如果无法避免与排水沟冲突，需要申请相关的审批手续。根据当地的规定，可能需要提交建设项目的规划设计图纸、土地使用证明、环境影响评价报告等材料，经过审批后方可进行建设。
6.合理施工：在施工过程中，要遵守相关的施工规范和环保要求，确保不会对排水沟造成破坏或污染。
7.保持沟道畅通：在房屋建设完成后，要定期清理排水沟，保持沟道畅通，避免因房屋建设而导致排水沟堵塞。
8.环境保护意识：在农村盖房遇到排水沟时，要增强环境保护意识，尽量减少对自然环境的破坏，保护农田和水资源。
总之，农村盖房遇到排水沟时，需要遵守相关法律法规，合法进行处理。通过了解法律法规、咨询相关部门、合理规划建筑布局、合理利用排水沟、申请审批手续、合理施工、保持沟道畅通和增强环境保护意识等措施，可以合法解决农村盖房遇到排水沟的问题。