农村自建房排水沟的处理方法可以从以下几个方面考虑：
1. 规划设计：在自建房排水沟的规划设计阶段，需要考虑到房屋周围的地势、土壤类型、降雨量等因素，合理确定排水沟的位置、长度和宽度。排水沟的位置应尽量靠近房屋，便于排水，同时要避免与房屋基础相交，以免影响房屋的稳定性。
2. 施工材料：选择合适的施工材料对于排水沟的处理至关重要。一般来说，可以选择混凝土、砖石、塑料等材料进行施工。混凝土和砖石具有较好的耐久性和承载能力，适合用于长期使用的排水沟；而塑料材料则具有防腐、轻便、易安装等特点，适合用于临时或短期使用的排水沟。
3. 施工方法：在施工过程中，需要注意排水沟的坡度和横截面形状。排水沟的坡度应根据地势和排水需求进行合理设计，一般要求坡度不小于0.5%。横截面形状可以选择V形、U形或平底形，以提高排水效果。同时，还需要注意排水沟的连接和密封，确保排水沟的连续性和防渗漏性。
4. 清理维护：自建房排水沟在使用过程中需要定期清理和维护，以保持排水畅通。清理时可以使用铁锹、铁耙等工具清除沟内的杂物和淤泥，避免堵塞。维护时可以定期检查排水沟的状况，修补破损部分，确保排水沟的正常运行。
5. 环保措施：在处理自建房排水沟时，还需要考虑环保因素。可以采取一些措施，如设置沉淀池、过滤装置等，以减少污水中的悬浮物和污染物的排放。同时，还可以利用排水沟旁的植被进行生态修复，提高水质的净化效果。
总之，农村自建房排水沟的处理需要综合考虑规划设计、施工材料、施工方法、清理维护和环保措施等因素，以确保排水沟的正常运行和环境的保护。