村长占排水沟种芋头是一个违法行为，不仅违反了农田水利法规，还会对排水系统造成严重的影响。为了解决这个问题，需要采取以下措施：
1. 教育宣传：首先，需要通过村级宣传教育活动，向村民普及农田水利法规和排水系统的重要性。可以组织专家或相关部门的人员进行讲座，向村民解释种植芋头对排水系统的危害，并强调合法种植的重要性。
2. 法律法规：村委会应当加强对农田水利法规的宣传和执行，明确规定禁止在排水沟内种植芋头等作物，并制定相应的处罚措施。同时，要加强对违法行为的监督和检查，对违法者进行严肃处理，以起到警示作用。
3. 排水系统改造：如果排水系统存在问题，导致村民无法正常种植作物，村委会应当积极争取相关部门的支持，进行排水系统的改造和维护。可以申请政府资金或者引入专业团队进行工程设计和施工，确保排水系统的正常运行。
4. 替代种植方案：为了满足村民的种植需求，可以与农业部门合作，推广其他适合当地环境的作物种植方案。可以组织培训班，向村民介绍其他作物的种植技术和市场前景，鼓励他们转变种植观念，选择更加合适的作物进行种植。
5. 建立监督机制：村委会应当建立健全的监督机制，加强对农田水利工作的监督和管理。可以成立专门的农田水利管理小组，负责排查违法行为，及时处理问题，并定期向上级部门汇报工作情况。
6. 奖惩机制：为了激励村民遵守法规，村委会可以建立奖惩机制，对积极宣传农田水利法规、主动配合工作的村民进行表彰和奖励；对违法种植芋头等作物的村民进行处罚，包括罚款、停水停电等措施，以起到震慑作用。
总之，解决村长占排水沟种芋头的问题需要全社会的共同努力。通过加强宣传教育、完善法律法规、改造排水系统、推广替代种植方案、建立监督机制和奖惩机制等措施，可以有效解决这一问题，保障农田水利的正常运行，促进农村经济的可持续发展。